משרדי רואי החשבון אשר ייבחרו לביצוע העבודה יערכו ביקורת שכר ברשויות מקומיות ובגופים מתוקצבים ונתמכים אחרים ככל שיידרשו, על מנת לאתר תשלומי שכר המשולמים תוך חריגה מההסכמים הקיבוציים הארציים שאושרו. צוות הביקורת יידרש להכין דו"ח ביקורת שכר בהתאם להוראות סעיף 29 לחוק יסודות התקציב והנחיות כלכלני יחידת האכיפה ולתת חוות דעת בנושאים חשבונאיים, מיסויים וכלכליים ובתחום הביקורת החקירתית, לאור ממצאי הביקורות שיבוצעו.
הממונה על השכר הציב את נושא האכיפה כחלק מרכזי בסדרי העדיפויות של אגף השכר ושם לו למטרה את חיזוק פעילות יחידת האכיפה. בהתאם לזאת, רואה הממונה חשיבות רבה בהרחבת מערך העובדים ביחידת האכיפה על מנת להגיע להישגים מרביים במיגור תופעת חריגות השכר. במסגרת זו פועל כהן, בין היתר, לקליטת 5 חוקרים ליחידת האכיפה עליהם יוטל תפקיד השגת ראיות כנגד נושאי משרה בגופים נתמכים ומתוקצבים אשר אישרו חריגות שכר בניגוד להסכמים הקיבוציים.
בשמונה שנות פעילותה של יחידת האכיפה בראשות סגן הממונה על השכר, שמואל נחמני, התקבלו למעלה מ-2,500 החלטות ממונה על השכר בנוגע לטיפול בחריגות שכר. הסכומים שנחסכו לקופת הציבור בשנים אלה מסתכמים בלמעלה מ-1.7 מיליארד ש"ח, וזאת מבלי שנלקחו בחשבון סכומי החיסכון האקטוארי הנובעים מהפחתות שכר פנסיוני לעובדים פעילים וכן מבלי שנלקח בחשבון גורם ההרתעה אשר מניב תוצאה כלכלית של חסכון נוסף הנאמד בכמיליארד ש"ח.
יחידת האכיפה באגף הממונה על השכר אחראית על ריכוז הפעולות המתחייבות לצורך אכיפת סעיף 29 לחוק יסודות התקציב. בהתאם לסעיף זה, לא יסכים גוף מתוקצב או נתמך על שינויים בשכר, בתנאי פרישה או גמלאות, או על הטבות כספיות אחרות הנוגעות לעבודה, אלא בהתאם לְמה שהוסכם או הונהג לגבי כלל עובדי המדינה או באישורו של שר האוצר. מכוח סעיף זה מפקח הממונה על השכר על כ-700 גופים מתוקצבים ונתמכים, קרי: על כ-300,000 עובדים וגמלאים.