תוכנית הפיתוח המקורית של הרכבת נקבעה בשנת 2003 על בסיס אומדן ראשוני של עלות הפרויקטים. משרדי האוצר והתחבורה בחנו באמצעות חברת בקרה וחברות הנדסיות המתמחות בתחום התשתיות את אומדני העלויות ואת תכנון הפרויקטים. בבחינה התגלו, בין היתר, חריגות משמעותיות מאומדני הפרויקטים ובלוחות הזמנים בהיקף של למעלה מארבעה מיליארד ₪. מסקנות הבדיקה נלקחו בחשבון בעת קביעת מסגרת תקציבית עדכנית לפרויקט  ולאחר הבחינה הוחלט על גובה התקציב הרב שנתי ופריסתו.

בתקציב המעודכן ניתן מענה להתפתחות הפרויקטים ביחס לתכנון המקורי. בתוכנית המקורית כפי שאושרה בשנת 2003 נקבע תוואי הפיתוח הכללי לשנים הבאות מבלי שנקבע אומדן תקציבי מדויק לפי מרכיבי העלויות בכל פרויקט. תוספת התקציב ניתנה בהמשך להמלצת החברות שבחנו את תוכנית הפיתוח המקורי על תוספות ציוד קבע לרכבת של קרונות וקטרים וזאת בכדי לייעל באופן משמעותי את פעילות הרכבת. כמו כן, תוספת תקציבית מיוחדת בהיקף של כ- 800 מיליון ₪ ניתנה להפרדות מפלסיות כאשר התפיסה שהובילה את משרדי האוצר והתחבורה הינה כי מסילות עתידיות שייבנו לא יהיו עם מפגשי רכבת – כביש אלא ייעשו בהפרדה מפלסית לצורך הגברת בטיחות וביטחון הנוסעים.

על מנת לוודא עמידה ביעדי התקציב כפי שאושר החליט הבר כי מימון הפרויקטים יהיה הדרגתי ובהתאם להתקדמות הפרויקטים ובכפוף לעמידה בתכנון התקציבי. כל פרויקט יתומחר לפי שלבי הביצוע כאשר המשך המימון יהיה תלוי בהתקדמות על פי התכנון תוך עמידה ביעדי התקציב בכל שלב.  פרויקט שיחרוג מבחינה תקציבית מן התכנון המקורי יוקפא לאלתר ויופשר רק לאחר בירור מעמיק של משרדי האוצר והתחבורה באשר לנסיבות החריגה. סוכם כי צוותים של משרדי האוצר, התחבורה ורכבת ישראל יפעלו לתקן את ההסכם הקודם ולנסח הסכם מפורט מעודכן בהתאם לכללים שלעיל.