המכרז אשר נוהל על ידי יחידת הביקורת ומינהל הרכש בחשב הכללי חולק לשני שירותי ביקורת:
o בקרה כוללת על ניהול הפרויקט לרבות הקצאת המשאבים השונים (תקציבים, כוח אדם ורכש), עמידה בלוחות זמנים, ניתוח סיכונים לאי עמידה בתכנית העבודה ועוד. במתן שירות זה זכתה פירמת רואי החשבון "ברייטמן אלמגור" מקבוצת Deloite העולמית.
o בקרה סיכונים פנימית של מערכת המרכב"ה לרבות סיכוני התפעול השונים, מניעת מעילות והכול תחת עמידה מחמירה בתקני החשבונאות המתקדמים ביותר ובפרט עקרונות באזל 2. הזוכה תידרש לוודא את תפקודה הכולל של המערכת בהסתמך על מדגם רחב של משרדי ממשלה לפי חתך מייצג, לדווח על הממצאים ולתת המלצות לפתרון. במתן שירות זה זכתה פירמת רואי החשבון "קוסט, פורר, גבאי את קסירר" מקבוצת  Ernst&Young העולמית.

החברות הזוכות ידווחו באופן שוטף לוועדת ההיגוי לניהול פרויקט מרכב"ה שבראשות החשב הכללי ובהשתתפות הממונה על התקציבים ונציב שירות המדינה ולוועדת המשנה לענייני ביקורת בראשות מנהל יחידת הביקורת של החשב הכללי.
בבחירת הזוכים במכרז הבקרה הגדול הושלמה מערכת הבקרות המשולבת על פרויקט מרכב"ה כפי שהנחה על ביצועה החשב הכללי וזאת כמקובל בניהול פרויקטים גדולים בשוק הפרטי.
להלן פירוט הבקרות על הפרויקט, מעבר לחברות הנ"ל כאמור:
o ניהול הרכש לפרויקט הועבר לידי וועדת מכרזים בראשות מנהל מינהל הרכש בחשב הכללי.
o יחידת הביקורת של החשב הכללי הפעילה משרד רו"ח חיצוני שבחן את ההתקשרות עם חברת נס טכנולוגיות ואת מערך התשלומים לחברה.
o נערכה ביקורת נהלים להעסקת יועצי מחשוב (SAP) בכל הממשלה ובכלל זה קביעת תעריפי מקסימום לכל רמת העסקה.
בנוסף על הבקרות הנ"ל נערכת מעת לעת ביקורת על ידי משרד מבקר המדינה.
 החשב הכללי, ד"ר ירון זליכה, ציין כי יישום מכלול הבקרות על הפרויקט, יוודא כי הפרויקט יושלם בכל משרדי הממשלה בזמן ובתקציב על פי תכנית העבודה, וכן יביא לכך שהפרויקט יעמוד בתקני ביקורת מערכות המידע המחמירים ביותר.