בדומה למרבית אמנות המס של ישראל, גם אמנה זו מבוססת על מודל ה- OECD, שיעורי ניכוי המס במקור במדינה שבה מבוצע התשלום (מדינת המקור) נקבעו ל-5% מתשלומי תמלוגים, ל- 10% מתשלומי ריבית, ול- 5% עד 15% מתשלומי דיבידנד. לגבי רווח הון, אומץ העיקרון הקבוע באמנת המודל של ה-OECD, כך שהמיסוי יהיה רק במדינת תושבתו של המוכר. אם מדובר במקרקעין או במניות בחברה שלמעלה מ-50% משוויה הוא ממקרקעין, תינתן זכות מיסוי גם למדינה בה מצויים המקרקעין.
חברה שתעסוק בביצוע פרויקט בנייה או התקנה במדינה האחרת תחויב על ידי אותה מדינה  במס רק אם הפרויקט יימשך מעל 12 חודשים.

בנוסף, כמקובל כוללת האמנה הוראות לעניין אי אפליה, הליכי הסכמה הדדית, וכן סעיף המאפשר למדינות לפנות זו אל זו לצורך קבלת מידע אודות פעילות תושביהן במדינה האחרת.
נציגי ישראל ואסטוניה הסכימו כי יפעלו כדי לקדם את הליכי אשרור האמנה במדינותיהן, על מנת שזו תיכנס לתוקף בשנת 2008.

בראש המשלחת הישראלית עמדה עו"ד טליה דולן-גדיש, היועצת המשפטית למינהל הכנסות המדינה במשרד האוצר וכללה את עו"ד תמר לומברוזו, סגנית היועץ המשפטי ברשות המסים  ועוז חלבי, המחלקה המקצועית ברשות המסים.