שר האוצר אברהם הירשזון ביקש מד"ר בכר להישאר בתפקידו עוד מספר חודשים עד להעברת התקציב בכנסת ולהשלמת השינויים המבניים והרפורמות אותן הוא מוביל.  תקופה זו גם תאפשר לשר האוצר לחפש מועמד ראוי לתפקיד המנכ"ל.  בכר נענה לבקשת שר האוצר והודה לו על האמון וההערכה הרבה לה הוא זכה.
 
ד"ר בכר התמנה לתפקיד בנובמבר 2003 וכיהן תחת שלושה שרי אוצר: בנימין נתניהו, אהוד אולמרט ואברהם הירשזון.