על סמך הערכות של אגף תקציבים, הסובסידיה השנתית בשנים הראשונות להסכם תנוע סביב כ- 250 מלש"ח בשנה והיא צפויה לרדת בשנים שלאחר מכן כתוצאה מגידול בהיקף פעילות הרכבת עקב הפיתוח המואץ וכתוצאה מגידול בהכנסות מפעילות עסקית. התקציבים כאמור הם חלק מהתקציב המתוכנן לשנת 2006.

חישוב הסובסידיה השנתית לוקח בחשבון פרמטרים כמו שיעורי תפוסה של הרכבות והתוכנית התפעולית להסעת נוסעים. כן קיימים בהסכם מנגנונים אשר מתמרצים את חברת הרכבת להתפתח לכיוונים עסקיים שמחוץ לפעילות הסעת נוסעים דוגמת פעילות מסחרית בתחומי נדל"ן ופרסום.

עם הפיכתה של רכבת ישראל לחברה ממשלתית נפרדת ובעקבות חתימה על הסכמי עקרונות בין חברת הרכבת לממשלה בחודש אפריל 2004, החל מו"מ ממושך ומעמיק לצורך גיבוש הסכם מפורט לסבסוד הפעילות השוטפת של החברה על ידי המדינה. את ההסכם הובילו נציגי אגף תקציבים בשיתוף עם נציגי החשב הכללי ומשרד התחבורה.

הממונה על התקציבים, קובי הבר אמר: "מדובר בהסכם המבוסס על מודל דינאמי המתאים עצמו לתקופה שבה מתרחש פיתוח מואץ של התשתית הרכבתית כך שהסובסידיה תיתן מענה מתאים לצרכים המשתנים תוך מיקסום יעילות השירותים הניתנים לציבור המשתמשים".

ההסכם יכנס לתוקפו לאחר חתימת החשב הכללי.